ونشبت الخلافات بين مصر وإثيوبيا بسبب سد النهضة الذي تبنيه أديس أبابا على مجرى نهر النيل، وأيضا بسبب كيفية التعامل مع موارد النهر الذي تطالب مصر بأن ختسير وفقا للقواعد الدولية المتعلقة بالأنهار الدولية باعتبارها عابرة للحدود، بينما تزعم إثيوبيا السيادة الوطنية على مياه النيل.
ومؤخرا ظهر خلاف بين الدولتين بسبب الصومال، وتوقيع إثيوبيا مذكرة تفاهم مع إقليم "أرض الصومال" الانفصالي، ولجوء الحكومة الصومالية الفيدرالية إلى مصر طلبا للمساعدة، ثم توقيع البلدين اتفاقية عسكرية، ستنشر القاهرة بموجبها قوات مصرية في الصومال، بجانب المشاركة في بعثة الاتحاد الإفريقي، وهي خطوة أغضبت أديس أبابا.
يذكر أن وزير الخارجية المصري بدر عبد العاطي أكد مؤخرا أن المياه تمثل قضية وجودية لمصر.
وأشار إلى إعلان مصر التوقف عن المسار التفاوضي والاحتفاظ بحقها في الدفاع عن مصالحها المائية في حالة حدوث ضرر بما يكفله القانون الدولي وميثاق الأمم المتحدة.
وكان وزير الخارجية المصري قد شدد في وقت سابق على أن "أمن مصر المائي مسألة وجودية لن نتهاون فيها"، مجددا موقف مصر الداعي للتوصل إلى اتفاق ملزم قانونا لتشغيل "سد النهضة" الإثيوبي.