تخرج هنية من الجامعة الإسلامية في غزة عام 1987، حيث حصل على شهادة في الأدب العربي. خلال سنوات دراسته، انخرط في النشاط السياسي من خلال "الكتلة الإسلامية"، الذراع الطلابي للإخوان المسلمين، التي تطورت لاحقاً إلى حركة حماس. تولى رئاسة مجلس الطلبة في الجامعة الإسلامية بين عامي 1983 و1984.
في عام 1989، اعتقلته السلطات الإسرائيلية بتهمة الانتماء لحركة حماس، وقضى ثلاث سنوات في السجون. بعد الإفراج عنه، نُفي إلى مرج الزهور على الحدود اللبنانية الفلسطينية، حيث أمضى عاماً مع مجموعة من قادة حماس. بعد عودته إلى غزة في عام 1993، تم تعيينه عميداً للجامعة الإسلامية.
في عام 1997، عين هنية مساعداً لمؤسس حركة حماس، الشيخ أحمد ياسين. هذا المنصب عزز من دوره القيادي في الحركة، وساهم في صعوده إلى مواقع قيادية بارزة. عقب مقتل عبد العزيز الرنتيسي في عام 2004، أصبح هنية رئيساً لحركة حماس في قطاع غزة.
في ديسمبر 2005، قاد هنية قائمة "التغيير والإصلاح" في الانتخابات التشريعية الفلسطينية، حيث فازت الحركة بالأغلبية. في فبراير 2006، تولى منصب رئيس وزراء السلطة الفلسطينية، بعد فوز حماس في الانتخابات.
في مايو 2017، انتخب هنية رئيساً للمكتب السياسي لحركة حماس، خلفاً لخالد مشعل. قاد الحركة خلال فترة مليئة بالتحولات السياسية والإقليمية في الدول العربية والغربية.
قُتل إسماعيل هنية اليوم 31 يوليو 2024، بعد أن أعلنت حركة حماس عن استهدافه بغارة في طهران، حيث قد شارك في مراسم تنصيب الرئيس الإيراني الجديد.